IC厌氧反应器的厌氧消化中非产甲烷菌降解有机物的过程可产生大量的VFA和CO2，降低系统pH；而产甲烷菌则在利用乙酸、甲酸、氢形成甲烷的过程中消耗有机酸和CO2。两者的共同作用可使反应体系内pH稳定在一个适宜的范围内，并使废水中COD顺利地降解为甲烷、CO2而去除。
　　然而，相对于非产甲烷菌而言，产甲烷菌对温度、pH、氧化还原电位(ORP)、碱度及有毒物质等均很敏感，各种生态因子的生态幅均较窄，对生态因子的要求严格。所以当IC厌氧反应器系统中温度、pH、ORP等生态因子或有机负荷剧烈变化时，产甲烷菌的活性会受到限制，而非产甲烷菌活性所受的影响较小，其产生的VFA不能全被产甲烷菌利用，使得厌氧体系内VFA大量积累，两大类细菌的代谢平衡被破坏。因而温度、pH、ORP、有机负荷等条件均导致厌氧酸化现象的产生。
　　此外，沟流问题也常会导致IC厌氧反应器的酸化现象。当反应器内污泥粒度过细、密度大、液流分布不均匀时会出现沟流现象，由于活性污泥不能与进水有效接触，易造成反应器局部VFA的大量积累，进而导致反应器酸化；而酸化会减少产气量、增加污泥黏度、增加反应器“死区”体积，导致沟流问题进一步恶化。